هجده اردیبهشت ۱۳۸۹ ، تلفن‌های اندرزگاه هفت زندان اوین قطع شد تا هفته معلم تمام نشده فرزاد را اعدام کنند.
محبوبیت و بی‌گناهی فرزاد چنان بارز بود که زندانبان مجبور شده‌بود حکم را در سکوت اجرا کند بخاطر همین تلفن‌ها را قطع کرد تا کسی انتقال فرزاد و علی حیدریان را برای اعدام به بیرون اطلاع ندهد.
بجز فرزاد کمانگر و علی حیدریان، آن‌سوتر فرهاد وکیلی را از بند ۳۵۰ زندانیان سیاسی و شیرین علم‌هولی را از بند زنان فراخواندند و به همراه یک زندانی سیاسی دیگر به نام مهدی اسلامیان به دار آویختند.
فرزاد سحرگاه ۱۹ اردیبهشت اعدام شد یعنی در آخرین روزِ هفته معلم تا پیامی باشد برای کسانی که فکر می کنند دوران دهه طلایی شصت به پایان رسیده است در خرداد ۸۸ #نئوخط‌امامی‌ها برای بازگشت نخست‌وزیر این دوران به قدرت مردم را به اعتراض دعوت کردند و وقتی با هزینه روبرو شدند مردم را تنها گذاشتند نخست‌وزیر آن دوران طلایی، گویی تازه متوجه عمق فاجعه شده‌است اعدام ۱۹ اردیبهشت را محکوم کرد. اشتباه محاسبه نخست‌وزیر این بود که موقع محکوم نمودن اعدام ۱۹ اردیبهشت یادش رفته بود در دهه اعدام‌ها نخست‌وزیر بوده‌است با وجود این
او خط قرمز را رد کرده‌بود مجازات شد .
اعدام پنج زندانی سیاسی یک پیام روشن پس از اعتراضات ۸۸ داشت
و آن این بود که سیستم اگر بخواهد هنوز قادر است به راحتی به دهه شصت برگردد حتی اگر آمران و دست‌اندرکاران آن دهه رنگ عوض کرده و لباس اصلاح‌طلبی پوشیده‌باشند.
به دنبال انتشار خبر اعدام خانواده و دوستان اعدامی‌ها به اوین سپس به بهشت زهرا مراجعه کردند تا از او رد بیابند هرگز محل دفنشان را به #دایه‌سلطنه، مادر فرزاد ، و سایر خانواده‌ها نگفتند اما گویی آن گونه که فرزاد همیشه می‌گفت نسیم یاد او را از از اوین تا #شاهو و از شاهو تا #سلیمانیه و #روژوا با خود برده‌بود.
«جعفر ابراهیمی»
۱۹ اردیبهشت ۱۳۹۸